Alegerea lui Alexandru Ioan Cuza
În Moldova a fost ales în unanimitate, la 5/17 ianuarie 1859, liderul unionist Alexandru Ioan Cuza, reprezentantul „Partidei Naționale”. Reprezentanții acestei grupări, ce avea ca obiectiv unirea Moldovei cu Țara Românească, au oscilat o vreme între a avea un candidat al lor și a-l susține pe Grigore M. Sturdza, fiul fostului domnitor Mihail Sturza și agent al Rusiei. Acesta, susținut de Rusia prin intermediul bancherului evreu Șmul Rabinovici și agentului panslavist polonez Nieczuka Wierzbicki, care a adus la Iași câteva sute de mercenari, viza și el unirea celor două țări, dar sub domnia sa și sub forma unui stat-marionetă care să facă jocurile Imperiului Rus. Cu două zile înainte de votul pentru alegerea domnitorului, unioniștii au înțeles jocul lui Sturza și au hotărât să-l respingă și să desemneze un candidat al lor. După dispute aprinse, a fost acceptat comandantul micii armate moldovene, colonelul Alexandru Ioan Cuza (care nu participase la întâlnire). La Adunarea electivă, desfășurată în localul Muzeului de Istorie Națională din Iași, Cuza a fost prezentat drept variantă de compromis între conservatorii filoruși și liberalii pro-occidentali (francofili). Oamenii lui Sturza au fost surprinși să constate că acesta este respins și în schimb adunarea îl votează în unanimitate pe Cuza. Gruparea lor, susținută de mercenarii polonezi ai lui Wierzbicki, care plănuia să acționeze doar pentru a liniști eventualele proteste împotriva alegerii lui Sturza și apoi pentru a forța alegerea sa în Țara Românească, s-a văzut obligată să treacă la ofensivă. S-a pus premiu pentru uciderea liderilor unioniști Mihail Kogălniceanu, Anastasie Panu și Manolache Epureanu (pe al căror sprijin Sturza conta, dar care au votat pentru Cuza) și a domnitorului Cuza. Complotul a fost însă dejucat după ce a fost deconspirat de Alecu von Onciul și Iacob Antosz, iar ancheta a dovedit ulterior implicarea Rusiei.
Întrucât în textul Convenției nu se stipula ca domnii aleși în cele două Principate să fie persoane separate, liderii unioniști au decis ca alesul Moldovei să fie desemnat și în Țara Românească. Acolo însă, Cuza era susținut doar de liberali, în timp ce conservatorii dețineau 46 din cele 72 mandate. În această situație, liberalii radicali au inițiat, prin intermediul tribunilor, o vie agitație în rândul populației Capitalei și al țăranilor din împrejurimi. O mulțime de peste 30 000 oameni s-a aflat în preajma Adunării. Unul dintre tribuni, I.G. Valentineanu, nota că poporul era gata „să năvălească în Cameră și să o silească a proclama ales pe alesul Moldovei”.
Într-o ședință secretă a Adunării, deputatul Vasile Boerescu a propus la 24 ianuarie 1859 alegerea lui Alexandru I. Cuza, aceasta fiind acceptată în unanimitate. Astfel s-a făcut primul pas către definitivarea Unirii Principatelor Române. Țările au intrat de atunci într-o uniune personală. Conceptul era cunoscut la acea vreme, dar nu însemna nimic în ce privește o unire politică. Orientarea unionistă a domnitorului a făcut însă ca acesta să acționeze pe parcursul următorilor doi ani în sensul unirii politice.